Jacques Bonnaffé suit des cours d'art dramatique au conservatoire de Lille (1977-1978), puis il intègre la compagnie de la Salamandre en 1979 et suit l'Atelier classique de Christian Rist (1983-1984).
Jacques Bonnaffé débute au cinéma en lycéen révolté des années 1950 dans Anthracite (1979) d'Edouard Niermans puis s'impose, quatre ans plus tard, en CRS amoureux dans Prénom Carmen de Jean-Luc Godard. Parallèlement à une riche activité théâtrale, il s'illustre au cinéma dans des films d'auteur. Il joue ainsi dans Elle a passé tant d'heures sous les sunlights (1984) de Philippe Garrel et dans La tentation d'Isabelle (1985) de Jacques Doillon, où son interprétation lui vaut une nomination aux Césars. Il tourne dans plusieurs films de René Féret : Baptême (1988), La place d'un autre (1992) et Les frères Gravet. A l'aise dans les comédies sentimentales de Jacques Fansten (Roulez jeunesse, 1992, et C'est pour la bonne cause, 1996) ou de John Lvoff (Couples et Amants, 1993), Jacques Bonnaffé interprète des rôles plus graves dans Faut-il aimer Mathilde ? (1992) d'Edwin Baily et Lucie Aubrac (1996) de Claude Berri. On le retrouve en 1999 dans Vénus beauté, institut de Tonie Marshall, qui remporte un énorme succès critique et public. Il se consacre essentiellement au théâtre mais participe en 2001 au film de Jacques Rivette Va savoir et fait une apparition dans La Repentie, dont l'actrice principale est Isabelle Adjani. Il joue en 2005 dans l'adaptation du vaudeville de Feydeau par Michel Deville : Un fil à la patte et l'année suivante, dans La tourneuse de pages de Denis Dercourt.
Grand comédien de théâtre, Jacques Bonnaffé joue dans Les Bas-Fonds (1982) de Gorki, Le Marchand de Venise (1983) de Shakespeare, L'Epreuve (1985) de Marivaux, La Veuve (1990) de Corneille. Il a également monté plusieurs spectacles, dont Paris-Nord, attractions pour noces et banquets.
Il se consacre aussi à la poésie et aux lectures publiques : Arthur Rimbaud, Jules Mousseron ou des auteurs contemporains.
Il interprète en patois picard et met en scène Cafougnette et l'défilé, d'après Les histoires de Jules Mousseron, montrant ainsi son attachement à sa terre natale.
A la télévision, il tourne dans plusieurs téléfilms : Manipulations (1983) de Marco Pico, Les Mains d'Orlac (1987) de Peter Kassovitz, Arthur Rimbaud (1994) de Marc Rivière, Un grain de folie (1997) de Sébastien Grall.
Courts métrages 1983 | Ballades | Catherine Corsini |
| 1993 | Ici, là ou ailleurs | Vincent Loury |
| 1996 | Rien que des grandes personnes | Jean-Marc Brondolo |
| 2002 | C'était pas la guerre | Alexandrine Brisson |
Longs métrages| 1979 | Anthracite | Edouard Niermans |
| 1983 | Prénom Carmen | Jean-Luc Godard |
| 1984 | Blanche et Marie | Jacques Renard |
| 1984 | Escalier C | Jean-Charles Tacchella |
| 1984 | Meilleur de la vie (Le) | Renaud Victor |
| 1984 | Paris vu par 20 ans après : Canal Saint-Martin | Philippe Venault |
| 1985 | Elle a passé tant d'heures sous les sunlights | Philippe Garrel |
| 1985 | Tentation d'Isabelle (La) | Jacques Doillon |
| 1986 | Desejado = As montanhas da lua (O) Les Montagnes de la lune | Paulo Rocha |
| 1986 | Femme secrète (La) | Sébastien Grall |
| 1986 | Résidence surveillée | Frédéric Compain |
| 1988 | Baptême | René Féret |
| 1988 | Blancs cassés | Philippe Venault |
| 1988 | Campagne de Cicéron (La) | Jacques Davila |
| 1989 | Arthur Rimbaud, une biographie | Richard Dindo |
| 1990 | Enfants du vent (Les) | Krzysztof Rogulski |
| 1990 | Fracture du myocarde (La) | Jacques Fansten |
| 1992 | Faut-il aimer Mathilde ? | Edwin Baily |
| 1992 | Place d'un autre (La) | René Féret |
| 1992 | Roulez jeunesse | Jacques Fansten |
| 1993 | Couples et amants | John Lvoff |
| 1994 | Frères Gravet (Les) | René Féret |
| 1996 | C'est pour la bonne cause ! | Jacques Fansten |
| 1996 | Capitaine au long cours | Bianca Conti Rossini |
| 1996 | Lucie Aubrac | Claude Berri |
| 1996 | Tortilla y cinema | Martin Provost |
| 1997 | Jeanne et le garçon formidable | Olivier Ducastel |
| 1997 | Michael Kael contre la World News Company | Christophe Smith |
| 1998 | Innocent | Costa Natsis |
| 1998 | Plus beau pays du monde (Le) | Marcel Bluwal |
| 1998 | Sourire du clown (Le) | Eric Besnard |
| 1998 | Vénus beauté (institut) | Tonie Marshall |
| 2000 | Va savoir | Jacques Rivette |
| 2000 | Va savoir + | Jacques Rivette |
| 2001 | Diables (Les) | Christophe Ruggia |
| 2001 | Repentie (La) | Laetitia Masson |
| 2003 | Quand la mer monte | Gilles Porte, Yolande Moreau |
| 2004 | Crustacés et coquillages | Olivier Ducastel, Jacques Martineau |
| 2004 | Itinéraires | Christophe Otzenberger |
| 2004 | Lemming | Dominik Moll |
| 2004 | Un fil à la patte | Michel Deville |
| 2005 | Amitiés maléfiques (Les) | Emmanuel Bourdieu |
| 2005 | Il a suffi que maman s'en aille | René Féret |
| 2005 | Tourneuse de pages (La) | Denis Dercourt |
| 2006 | Capitaine Achab | Philippe Ramos |
| 2006 | Des Indes à la planète Mars | Christian Merlhiot, Matthieu Orléan |
| 2006 | Deuxième souffle (Le) | Alain Corneau |
| 2006 | Fabrique des sentiments (La) | Jean-Marc Moutout |
| 2008 | Trente-six vues du pic Saint-Loup | Jacques Rivette |
| 2010 | De bon matin | Jean-Marc Moutout |
| 2010 | Derrière les murs | Julien Lacombe, Pascal Sid |
| 2011 | A moi seule | Frédéric Videau |
| 2012 | Je m'appelle hmmm... | Agnès Troublé |
| 2012 | Violette | Martin Provost |
| 2014 | Anton Tchékhov 1890 | René Féret |
| 2014 | En mai fais ce qu'il te plaît | Christian Carion |
| 2014 | Fou d'amour | Philippe Ramos |
| 2015 | Fils de Joseph (Le) | Eugène Green |
| 2017 | Grands squelettes (Les) | Philippe Ramos |
| 2018 | Rêves de jeunesse | Alain Raoust |